Τα εμβόλια είναι απαραίτητα, οι σωστές συνθήκες υγιεινής δεν είναι ικανές να αναχαιτίσουν μεταδοτικές ασθένειες. Εάν δεν μπορούμε να διατηρήσουμε ιδανική εμβολιαστική κάλυψη στον πληθυσμό ή «ανοσία αγέλης», οι ασθένειες που έχουν εξαλειφθεί λόγω των εμβολιασμών, θα επανεμφανισθούν. Ενώ οι καλύτερες συνθήκες υγιεινής βοηθούν στην πρόληψη των λοιμωδών νοσημάτων, πολλές λοιμώξεις μπορούν να επεκταθούν ανεξάρτητα πόσο καθαροί είμαστε. Εάν ο πληθυσμός δεν εμβολιάζεται, νοσήματα τα οποία δεν είναι πλέον συνήθη, πχ πολιομυελίτιδα, κοκκύτης, ιλαρά, θα επανακάμψουν ταχύτατα.

Τα εμβόλια είναι ασφαλή. Ένα αδειοδοτημένο εμβόλιο έχει αυστηρά ελεχθεί σε πολλαπλές φάσεις μελετών πριν εγκριθεί για  χρήση, και επανεκτιμάται σε τακτική βάση ενόσω κυκλοφορεί στην αγορά. Οι επιστήμονες καταγράφουν αδιάκοπα πληροφορίες από διάφορες πηγές για σημεία ανεπιθύμητων ενεργειών των εμβολίων. Τα περισσότερα εμβόλια προκαλούν παροδικές και ήπιες αντιδράσεις όπως επώδυνο άκρο ή ήπιο πυρετικό κύμα. Στην σπάνια περίπτωση που θα αναφερθεί σοβαρή ανεπιθύμητη ενέργεια, διενεργείται άμεσα έρευνα.

Είναι περισσότερο πιθανό ένα άτομο να τραυματισθεί σοβαρά από τη νόσο παρά από το εμβόλιο που την αποτρέπει. Για παράδειγμα, στην περίπτωση της πολιομυελίτιδας, η νόσος μπορεί να προκαλέσει παράλυση, η ιλαρά μπορεί να προκαλέσει εγκεφαλίτιδα και τύφλωση, ενώ κάποια από τα νοσήματα που αποτρέπονται από εμβόλια, μπορούν να προκαλέσουν ακόμα και θάνατο. Αν και μια σοβαρή ανεπιθύμητη ενέργεια, είτε θάνατος, που αποδίδεται σε εμβολιασμό θεωρείται μεγάλος κίνδυνος τότε τα ωφέλη του εμβολιασμού ξεπερνούν τον κίνδυνο καθώς πολλαπλάσια νοσήματα και θανάτοι θα είχαν προκληθεί χωρίς εμβολιασμούς.

Τα εμβόλια επιδρούν στο ανοσοποιητικό σύστημα με παρόμοιο τρόπο με αυτό που προκαλεί η φυσική νόσηση, αλλά δεν προκαλούν τη νόσο ούτε βάζουν το εμβολιαζόμενο άτομο στον κίνδυνο των πιθανών επιπλοκών της νόσου. Σε αντίθεση το κόστος της φυσικής νόσησης για νοσήματα μπορεί να είναι διανοητική καθυστέρηση από Haemophilus influenza type b, συγγενείς βλάβες από ερυθρά, καρκίνος του ήπατος από ηπατίτιδα είτε θάνατος από επιπλοκές εξαιτίας ιλαράς.

Αν και τα νοσηματα που προλαμβάνονται με εμβολιασμό έχουν ελαττωθεί σε πολλές χώρες, οι λοιμώδεις παράγοντες που τα προκαλούν συνεχίζουν να κυκλοφορούν σε ορισμένα μέρη του κόσμου. Σε ένα κόσμο που οι πληθυσμοί διαρκώς μετακινούνται, μπορούν να διασχίσουν τα γεωγραφικά όρια και να μολύνουν οποιονδήποτε δεν έχει προστατευθεί.

Επιστημονικές μελέτες έχουν αποδείξει πως αρκετά εμβόλια συγχορηγούμενα δεν έχουν καμία αρνητική επίδραση στο ανοσοποιητικός ύστημα ενός παιδιού. Τα παιδιά εκτείθονται σε εκατοντάδες διαφορετικούς παράγοντες που διεγείρουν το ανοσοποιητικό τους σύστημα καθημερινά. Η απλή καθημερινή πράξη του φαγητού, εισάγει νέα αντιγόνα στο σώμα και πολυάριθμα βακτήρια ζουν στο στόμα και στη μύτη. Ένα παιδί εκτείθεται σε πολύ περισσότερα αντιγόνα κατά τη διάρκεια ενός κοινού κρυολογήματος παρά κατά τους εμβολιασμούς του.

Το πλεονέκτημα-κλειδί των συγχορηγήσεων εμβολίων είναι η ανάγκη λιγότερων επισκέψεων που γλιτώνει το γονέα από χρόνο και χρήματα. Ακόμα, όταν ένα πολυδύναμο εμβόλιο είναι δυνατό να χορηγηθεί (πχ διαφθερίτιδα, τετάνος, κοκκύτης), τότε έχουμε ως αποτέλεσμα λιγότερες ενέσεις και πόνο για το παιδί. Μια σειρά από μέτρα μπορούν να ανακουφίσουν τα παιδιά από τον πόνο κατά τη διάρκεια των εμβολιασμών.

Η γρίπη είναι μια σοβαρή νόσος η οποία προκαλεί ετησίως 300,000-500,000 θανάτους παγκοσμίως. Οι εγκυμονούσες, τα μικρά παιδιά, οι ηλικιωμένοι με προβλήματα υγείας και άτομα με χρόνια νοσήματα όπως άσθμα, καρδιακή νόσο, διατρέχουν υψηλότερο κίνδυνο για σοβαρή νόσο και πιθανά θάνατο. Εμβολιάζοντας εγκυμονούσες προκύπτει το πλεονέκτημα της προστασίας των νεογνών τους  (δεν κυκλοφορεί ακόμα αντιγριππικό εμβόλιο για βρέφη κάτω των 6 μηνών). Τα αντιγριπικά εμβόλια προσφέρουν ανοσία έναντι των 3 επικρατέστερων στελεχών της γρίππης που κυκλοφορούν τη δεδομένη εποχή. Αποτελεί τον καλύτερο τρόπο μείωσης των πιθανοτήτων νόσησης από σοβαρή γρίπη και μετάδοσης σε άλλους, ενώ χρησιμοποιείται για περισσότερα από 60 χρόνια. Αποφεύγοντας τη γρίπη σημαίνει λιγότερο κόστος περίθαλψης και λιγότερες απουσίες από εργασία και σχολείο.

Μια μελέτη που διενεργήθηκε το 1998 εγείρε ανησυχία και πιθανή σχέση του εμβολίου έναντι παρωτίτιδας-ιλαράς-ερυθράς (MMR) με τον αυτισμό, γεγονός που στη συνέχεια αποδείχθηκε περίτρανα λανθασμένη και κατασκευασμένη με δόλιο συμφέρον. Το άρθρο αφαιρέθηκε από το επιστημονικό περιοδικό όπου είχε εκδοθεί. Δυστυχώς, η δημοσίευση αυτή έσπειρε πανικό, μείωσε τα ποσοστά εμβολιασμών και οδήγησε σε επακόλουθες επιδημίες των συγκεκριμένων νοσημάτων. Δεν υπάρχει καμία απόδειξη συσχέτισης του MMR με τον αυτισμό και αυτιστικές διαταρραχές.